Eyüp Sultan Camii dikdörtgen planda, mihrabı çıkıntılıdır. Merkez kubbe altı sütun ve iki filayağına müstenit kemerlere yaslanır, etrafında yarım kubbe, ortasında Eyüp Sultan türbesi, sandukasının ayak ucunda bir pınar, avlu ortasında asırlık bir çınar bulunmaktadır.
1458'den sonra çeşitli defalar tamir gören caminin minarelerinin boyu önceleri kısaydı, 1733'de yeni uzun minareler yapıldı. 1823'de deniz tarafındaki minare, yıldırımla hasar gördügü için yeniden inşa edildi.
Cümle kapısı önündeki Sinan Paşa kasrı 1798'de yıktırılmıştır. Yerinde ulu bir çınar ağacı gölgesinde etrafı parmaklıklı bir set ve çimen sofa vardır. Parmaklığın dört köşesinde döört çeşmecik bulunur. Bunlara hacat çeşmeleri, kısmet çeşmeleri denir. Tamir edildikten sonra camiyi açıp namaz kılan Sultan III. Selim Mevlevi olduğu için parmaklıkların üzerinde mevlevi sikkeleri vardır.
Dış avlunun caddeye açılan iki kapısı vardır. İç avlu 12 sütuna müstenit 13 kubbelidir.Avlunun ortası şadırvandır. Türbe tek kubbeli, 8 köşelidir. Türbe methalinde nakşı kademi saadet, sağında sebil bulunur.
Mihrab eyvandır, minber mermerdir. Mihrab tarafı hariç üç tarafı galerilidir. Son cemaat yeri önünde 6 sütunlu ve 7 kubbeli bir revak vardır. Mermer cümle kapısı üzerinde 9 sıralık kitabenin ilk sırası:
Zehi münkadı emri gerdgar zılli Rabbani
Serefrazı cihandaranı asrın şahı devranı
Menarı nurfeşan sultan selim hanı bülend ikbal
Bilin gülbank dahi iyledi pür cümle azani.
Bu kadar çok kabir, türbe, lahit başka bir camide iç içe geçmemiştir. Serviler ve mezarlıklar cami çevresini uhrevi bir mekan yapar. Necip Fazıl, Fevzi Çakmak, Ferhat Paşa, Mehmet Paşa, Siyavuş Paşa, Beşir Fuad, Ahmet Haşim, Ziya Osman Saba, Sokullu Mehmet Paşa burada yatmaktadır.
Fatih'ten sonra asırlarca padişahlar Eyüp Sultan Camii'nde kılıç kuşanmışlardır. Bunu Fatih başlatmış, ilk kılıcı Fatih'e Akşemseddin kuşatmıştır. Padişahlar Sinan Paşa Köşkü'nden kayıkla Bostan iskelesine gelir, camide iki rekat namaz kılar, şeyhülislam kılıcı kuşatırdı.
Camiin dış avlusunda sebil bulunmaktadır. Üç pencerelidir. Bayramlarda ve özel günlerde şerbet dağıtıldığı için şerbethane denilmiştir.
Eyüp Sultan Türbesi
Türbe, camiin kuzeyinde, iç avlunun önündedir. Fatih Sultan mehmed tarafından 1454-55 tarihinde yaptırılmıştır. Rivayete göre iç avludaki çınarın bulunduğu yer Ebu Eyüp'ün gasledildiği yerdir. Türbe 8 köşeli, tek kubbelidir, kesme taştan yapılmıştır. cephe yüzlerine oturtulmuş olup, kasnağı yoktur. Pencere söveleri mermerdir. Kapı cephesi hariç diğerleri altta ve üstte iki pencerelidir.Kemerli kapı mermerdir, üzerinde Allah, Muhammed, kelime-i tevhid hakedilmiştir.
Türbe içi çinilerle kaplıdır. Üzerinde celi yazılar baştan başa dolaşır. Kubbe kalem işlemeleriyle süslüdür. Kubbe ortasında Ali imran suresi 193. ayeti yazılıdır.
Türbenin ortasında etrafı gümüş şebekeli bir parmaklık içinde Hz.Halid b. Zeyd ebu Eyyüb el-Ensari'nin sandukası vardır. Üzerinde siyah atlas üzerine sarı simli kisvei şerif örtülüdür. Yazıları Mustafa Rakım Efendi yazmıştır. Kisveyi bağlayan sırma kuşak üzerindeki celi hatları Sultan II. Mahmud yazmıştır.
Türbenin içinde, sandukanın ayakucunda bir kuyu bulunmaktadır. I.Ahmed ihya etmiştir. Rivayetlerde bu kuyunun ayazma olarak şifa kuyusu olduğu yazılıdır. Sandukanın üzerindeki dairevi kandillikte 36 adet buhurdan ve zemzemiye vardır. Türbenin duvarlarındaki yazılar I.Ahmed, III. Mustafa, III. Selim, II. mahmud, Abdulaziz, Hattat Osman, Ahmed Razi, Yesarizade Mustafa İzzet, Mahmud Celaleddin Efendi'ye aittir. Türbedeki sancakı şerif ve dört büyük şamdan Topkapı Müzesi'nde korumaya alınmıştır.
Türbe kapılarını tahtadan tunca çeviren I.Abdülhamit'tir. Türbenin önünde medhal vardır. Türbenin sağ tarafında kadınlar mescidi bulunur ki burada Adile Sultan itikafa girmiştir. İç avludan türbe medhaline bir hacet penceresi açılır. Hacet penceresinin iç kısmında şu hadisi şerif yazılıdır: "Devemi kendi haline bırakınız. Zira o kendine düşen görevi yapmaya memur edilmiştir. O da gitti, Ebu Eyyub'un kapısı önüne çöktü."
